میوکیامايا به گروه دریانوردی کاوش‌گر یک کشتی تحقیقاتی زیردریایی ۶ک (شینکای ۶۵۰۰) در سازمان صنایع علمی دریایی ژاپن تعلق دارد. او آرزوی هدایت کشتی ۶ک را دارد. پدرش کاپیتان و پژوهشگر بود و از بیماری درگذشت. هدف او پژوهش دریاهای عمیق است زیرا پدرش درباره اقیانوس عمیق به او گفته بود. اکنون او کارآموز خلبانی است. روزی فرصتی برای سوار شدن بر ۶ک پیدا می‌کند اما در صندوق پدرش نوار کاستی می‌بیند که تصاویر هولناکی را دربردارد. تصویر موجود از موجودی غول‌پیکر نامشخوص و خلبانانی است که در اعماق دریا تنها مانده‌اند. آخرین لحظات پدرش در تصاویر گنجانده شده و تصاویر با آنچه او درک می‌کرد از دریا فرق دارد. میوکیامايا اکنون وحشت‌زده است. آیا می‌تواند به طور ایمن از اعماق بازگردد؟