ژاپن در خطر جدی است! مگا من باید جلوی دکتر ویلی را بگیرد تا ژاپن را همانطور که می‌شناسیم، نابود نکند. اما چگونه؟ با کمی آگاهی از فرهنگ و جغرافیای ژاپن، مگا من و دوستانش سعی می‌کنند یک گام جلوتر از دانشمند دیوانه باشند. آیا آن‌ها خواهند توانست دکتر ویلی را به موقع شکست دهند تا روز کودکان را نجات دهند؟ یا از بدترین توفان تاریخ جلوگیری کنند؟ یا از فوران دوباره کوه فوُجی جلوگیری به عمل آورند؟