در یک شبیه‌سازی مجازی از شوبویا، توکیو که توسط موجودی به نام تکه کنترل می‌شود و به ساکنان اجازه زندگی نمی‌دهد، تمرکز روی پسری پانزده‌ساله به نام تسیوشی است که می‌خواهد هم خاطرات از دست رفته خود را پیدا کند و هم راهی برای فرار از شوبویا بیابد. برای حفظ کنترل، تکه افرادی که خارج از حدود دنیا عمل می‌کنند را «می‌کشند» که منجر به ریست شدن و وارد شدن مجدد به شهر با نام و هویت جدید و بدون خاطرات قبلی می‌شود.