شش سال پس از رویدادهای پایانی سریال ایکس-فایل ها، مامور سابق اف بی آی دانه اسکالی اکنون پزشک پرسنل در بیمارستان مقدس مادری است و به پسری به نام کریستین که بیماری سندو بیماریی مغزی نهایی دارد رسیدگی می کند. مامور اف بی آی درومی ماموریت می آید تا اسکالی را در یافتن فلوک مولدر، رئیس سابق بخش ایکس فایلس وادار به بازگشت به کار کند و می گویند در صورت همکاری برای بررسی گشتن زنان گمشده از جمله مامور اف بی آی مونیکا بنان، پیگیری ماموریت را لغو خواهند کرد. مولدر و اسکالی با فراخوانی دوباره به وظیفه با حضور کشیش سابق که ادعای دریافت دیدهای روانی مرتبط با یک مامور ربوده شده دارند، بازگردانده می شوند