هر سال، سه برادر به نام‌های ساموئل، جفری و مایکل داگلاس به دیدن پدربزرگ ژاپنی خود، موری شینتارو که پسران با محبت به او پدربزرگ می‌گویند، می‌روند. موری در زمینه‌های هنرهای رزمی و نینجوتسو بسیار ماهر است و سال‌هاست که پسران را در تکنیک‌های خود آموزش می‌دهد. پس از اینکه یک باند جنایت سازمان‌یافته برای FBI بیش از حد مشکل‌ساز می‌شود، زمان آن رسیده که ۳ برادر نینجا! مهارت‌های هنرهای رزمی خود را به کار ببرند، آنها برای مبارزه با باند جنایت و فریب دادن برخی از آدم‌ربایان بسیار مصمم، با هم همکاری می‌کنند!